Początki nagrody sięgają roku 1991. Wtedy to z inicjatywy żony i syna Wojciecha Wawrzynka ustanowiony został fundusz nagrody im. Wojciecha Wawrzynka na najlepszą pracę magisterską poświęconą problematyce śląskiej. Przewodniczącym Kapituły nagrody został syn Wojciecha Wawrzynka – Marian Wawrzynek, który pełnił tę funkcję do roku 1997. Następnie przewodniczącym kapituły zostaje do 2012 r. mgr Roman Wawrzynek, który obecnie pełni funkcję przewodniczącego honorowego. Od 2013 r. przewodniczącym kapituły pozostaje Tadeusz Kania. W roku 2006 dokonano zmiany nazwy nagrody na „Nagroda im. Jana i Wojciecha Wawrzynków”, honorując w ten sposób dwóch braci zasłużonych dla przedwojennego ruchu polskiego na Górnym Śląsku. Sekretarzami kapituły byli kolejno: w l. 1991-1996 prof. dr hab. Wiesław Lesiuk, w l. 1997-2003 dr hab. Stanisław Senft i w l. 2004-2012 dr hab. Bogdan Cimała, w l. 2013-2014 dr Maciej Borkowski. Od roku 2014 funkcję sekretarza pełni mgr Leokadia Drożdż. Od roku 2013 nagroda objęta jest honorowym patronatem Marszałka Województwa Opolskiego.

W styczniu 1992 r. rozstrzygnięto pierwszą edycję nagrody. W pierwszej edycji konkursu brały udział prace magisterskie obronione w latach 1990-1991. Zwyciężczynią pierwszej edycji okazała się mgr Violetta Rezler-Wasielewska z Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Opolu. Ogółem w l. 1991-2013 przyznano 27 nagród głównych. Wśród nagrodzonych przeważają absolwentki i absolwenci Uniwersytetu Opolskiego (21 nagród), pięciokrotnie nagrodę główną zdobywali absolwenci Uniwersytetu Wrocławskiego. Czterokrotnie – w latach 1993, 1996, 1997 i 2000 – kapituła zdecydowała się przyznać dwie równorzędnie pierwsze nagrody. Najczęściej nagradzanym promotorem był w historii nagrody prof. dr hab. Michał Lis (5 laureatów), przed prof. Anną Pobóg-Lenartowicz (3 laureatów) i prof. Markiem Masnykiem (również 3 laureatów). Dwojgu laureatom patronowała naukowo prof. Krystyna Kossakowska-Jarosz. Dwukrotnie – w latach 1993 i 1997 – nagrodzone zostały prace powstałe w języku niemieckim. Trzy nagrodzone prace (Bernarda Linka, Małgorzaty Bąk i Macieja Borkowskiego) zostały we fragmentach opublikowane na łamach periodyku naukowego „Studia Śląskie”.

W gronie 27 laureatów i laureatek znajdują się osoby, które obroniły już dysertacje doktorskie. Są to: V. Rezler-Wasielewska (laureatka z 1991), B. Linek (1992), J. Lüer (1993), A. Szymański (1994), M. Borkowski (1996), H. Czech (1996), A. Dawid (1998), H. Niestrój (1999), J. Banik (Zięba ; 2000), M. Walczak (2002) i W. Szwed (2005). Prace doktorskie obroniły także osoby, których prace wyróżniono – H. Duda (wyróżnienie w 2000), W. Dominiak (2002) i A. Grabowska (2007).